间接标记的方法中应用了报告分子标记的探针，报告分子通过亲和酶促的方法进行显色。常用的报告分子如地高6辛，生物素。结合地高6辛抗6体或链霉亲和素上耦联的酶系统进行间接的底物反应检测。地高6辛标记-的历史可追溯到1987年，由于地高6辛是洋地黄的花和叶中特有的成分，检测时使用的地高6辛抗6体不会结合于其他的生物分子。这是相较于生物素标记系统的优势。地高6辛抗6体上可耦联碱性磷酸酶、-化酶，及荧光分子和胶体金等，根据不同的应用需求，呈现高信噪比的-结果。但需注意，由于引入了免6疫检测反应，在放大检测灵敏度的同时，应注意样品内源性酶的灭活，以降低检测背景。
通过不同标记方法的联合应用，还可在同一样本中实现染色体不同区域或细胞样本中不同rna序列的多重检测。
原位杂交；原位杂交（in situ hybridization）将标记的-探针与细胞或组织中的-进行杂交，称为原位杂交！
使用dna或者rna探针来检测与其互补的另一条链在-或其他真核细胞中的位置。
以菌落原位杂交为例：
就dna探针和rna探针的比较，dna探针在杂交过程中会出现探针双链之间退火的可能，也更倾向于在溶液中形成大分子的探针聚合体，从而影响其渗透能力。而rna 探针的应用，将提高dna-rna杂交子的热稳定性。
tips：rna探针因其单链、高分子结合力、可适应高温杂交的特性，其检测特-和灵敏度均优于dna探针。常用的rna探针标记方法为构建质粒后进行转率合成。通过pcr扩增的方法，可以更方便地进行rna探针的制备；rna探针合成后，还需验证其对目标片段检测的灵敏度和特-。
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