单细胞测序（英语：single cell sequencing）采取优化的下一代dna测序技术（ngs）检测单细胞的序列，可以获得特定微环境下的细胞序列差异以方便研究其功能差异等。对个体细胞的dna测序可以帮助我们了解例如在中的小范围细胞的变异；对其进行rna测序可以帮助我们了解和鉴别不同的细胞类型与其表现的基因，对研究发育生物学等有较大裨益。
分离单细胞
在全基因组扩增和测序前，有很多方法可以分离细胞个体，其中流式细胞术（facs）较为常用。个体细胞可以用显微操作来收集，这样较为快捷而且成本较低，pcr，但是比较有技术难度，pcr检测，而且显微镜下对细胞的错误分类容易影响实验结果。激光捕获显微切割技术（lcm）亦可以用来收集单细胞。但是尽管激光捕获显微切割可以保留样本细胞在组织中的空间位置，但是捕获单细胞的时候容易连带周围细胞的物质。高通量的细胞个体分离还可以使用微流控技术。微流控技术和流式细胞技术都能准确而自动地分离无偏样本。但是，两种方法都要求首先将细胞从其为环境中脱离，因此可能在rna表达分析中造成对转录数据的干扰。
rip
技术概述
rip是研究体内蛋白与rna互作的重要技术。该技术先用甲醛等试剂交联细胞内的“蛋白-rna”互作复合物，裂解细胞后，用靶蛋白特异的抗l体(或标签抗l体)做免l疫沉淀，获得“靶蛋白-rna”互作复合物，去交联分离其中的rna;针对预测的靶蛋白结合rna的序列设计引物，
做qpcr实验，验证预测的rna是否与靶蛋白有结合，或者将分离出来的rna做高通量测序，pcr引物设计，筛选到可能与靶蛋白结合的rna。
技术流程
细胞交联-***细胞裂解-***免l疫共沉淀***去交联***rna分离***建库***高通量测序(或qpcr)。
转录组重测序
转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mrna的总和。转录组研究是基因功能及基因结构等研究的基础，通过新一代高通量测序，能够快速的获得某一物种特定组织或在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于-诊断、基础研究和研发等领域。
转录组resequencing针对的是有参考基因组的物种。用新一代高通量测序技术对某物种的特定组织或细胞进行转录组测序，与参考基因组比较，可以得到基因表达差异、可变剪接、融合基因等遗传调控信息。
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